新的檢驗檢疫制度對原衛(wèi)檢局、動植物局、商檢局進行“三檢合一”，全面推 行“一次報檢、一次取樣，一次檢驗檢疫，一次衛(wèi)生除害處理，一次收費，一次發(fā)證放行”的工作規(guī)程和“一口對外”的國際通用的新的檢驗檢疫模式。而從2000年1月1日起，對實施進出口檢疫的貨物啟用“入境貨物通關(guān)單”和“出境貨物通關(guān)單”，并在通關(guān)單上加蓋檢驗檢疫專用章，對列入《出入境檢驗檢疫機構(gòu)實施檢驗檢疫的進出口商品目錄》范圍內(nèi)的進出口貨物（包括轉(zhuǎn)關(guān)運輸貨物），海關(guān)一律憑貨物報關(guān)地出入境檢驗檢疫局簽發(fā)的“入境貨物通關(guān)單”或“出境貨物通關(guān)單”驗放，取消原“商檢、動植檢、衛(wèi)檢”以放行單、證書及在報關(guān)單上加蓋放行章通關(guān)的形式。同時， 正式啟用出入境檢驗檢疫證書，原來以“三檢”名義對外簽發(fā)的證書自2000年4月1日 起一律停止使用。

    同時，從2000年起對外簽訂合同、信用證時都要按新制度辦事。

    海關(guān)要求報關(guān)單位出具“入境貨物通關(guān)單”或“出境貨物通關(guān)單”，一方面是監(jiān)督法定檢驗商品是否已經(jīng)接受法定的商檢機構(gòu)檢驗；另一方面是取得進出口商品征稅、免稅、減稅的依據(jù)。

    根據(jù)《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構(gòu)實施檢驗的進出口商品種類表》規(guī)定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應(yīng)在報關(guān)前向商品檢驗機構(gòu)報驗。報關(guān)時，對進出口商品，海關(guān)憑商檢機構(gòu)簽發(fā)的“入境貨物通關(guān)單”和“出境貨物通關(guān)單”進口貨物報關(guān)單上加蓋的印章驗收。

    除上述單證外，對國家規(guī)定的其他進出口管制貨物，報關(guān)單位也必須向海關(guān)提交由國家主管部門簽發(fā)的特定的進出口貨物批準(zhǔn)單證，由海關(guān)查驗合格無誤后再予以放行。諸如藥品檢驗，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進出口音像制品的管理等均屬此列。

    （二）進出口貨物的查驗

    進出口貨物，除海關(guān)總署特準(zhǔn)查驗的以外，都應(yīng)接受海關(guān)查驗。查驗的目的是核對報關(guān)單證所報內(nèi)容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。

    海關(guān)查驗貨物，應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經(jīng)海關(guān)同意，海關(guān)可以派人員在規(guī)定的時間和場所以外查詢。申請人應(yīng)提供往返交通工具和住宿并支付費用。

    海關(guān)查驗貨物時，要求貨物的收、發(fā)貨人或其代理人必須到場，并按海關(guān)的要求負(fù)責(zé)辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關(guān)認(rèn)為必要時，可以徑行開驗、復(fù)驗或者提取貨樣、貨物保管人應(yīng)當(dāng)?shù)綀鲎鳛橐娮C人。

    查驗貨物時，由于海關(guān)關(guān)員責(zé)任造成被查貨物損壞的，海關(guān)應(yīng)按規(guī)定賠償當(dāng)事人的直接經(jīng)濟損失。賠償辦法：由海關(guān)關(guān)員如實填寫《中華人民共和國海關(guān)查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關(guān)員和當(dāng)事人雙方簽字，各留一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費用（必要時，可憑公證機構(gòu)出具的鑒定證明確定），以海關(guān)審定的完稅價格為基數(shù)，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關(guān)填發(fā)《中華人民共和國海關(guān)損壞貨物、物品賠償通知》，當(dāng)事人自收到《通知單》之日起，三個月內(nèi)憑單向海關(guān)領(lǐng)取賠款或?qū)y行帳號通知海關(guān)劃撥，逾期海關(guān)不再賠償。賠款一律用人民幣支付。

    （三）進出口貨物的放行

    海關(guān)對進出口貨物的報關(guān)，經(jīng)過審核報關(guān)單據(jù)、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續(xù)或減免稅手續(xù)后，在有關(guān)單據(jù)上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關(guān)對進出口貨物的監(jiān)管才算結(jié)束。

    另外，進出口貨物因各種原因需海關(guān)特殊處理的，可向海關(guān)申請擔(dān)保放行。海關(guān)對擔(dān)保的范圍和方式均有明確的規(guī)定。